O programa de estágios é desenvolvido pela GDEP e é responsável pelo recrutamento, seleção e acompanhamento de Estagiários. Todos os Estagiários são vinculados ao CIEE (Centro de Integração, Empresa/Escola). Os estagiários novatos recebem um Treinamento Introdutório, onde são trabalhados vários temas como Direitos e Deveres, Conhecendo a Sefaz, Educação Fiscal, Princípios da Qualidade, Atendimento Telefônico, Saber Ouvir, Saber Falar, Relações Interpessoais e Orientações Gerais. A GDEP realiza o gerenciamento da folha de pagamento, frequência, contratos dos estagiários, listagem de substituição e renovação para o CIEE. Hoje a Sefaz disponibiliza 335 vagas de estágios de nível médio e superior.