No momento inicial, está disponível no SEF 2012 e no eDoc 2012 a função de “Migração”. Esta tem como objetivo ajudar os desenvolvedores a entenderem a formação do arquivo texto no novo leiaute, e também poderá ser utilizada por aqueles que ainda não ajustaram seus sistemas corporativos para produzir o SEF e o eDoc no leiaute do SEF II.
 
Ressaltamos que esta é uma função provisória, e portanto, os sistemas corporativos de geração do arquivo texto precisam ser ajustados para gerar os arquivo​s do SEF e do eDoc no leiaute do SEF II.​​​​
 
A função Migração, disponível no menu Utilitários do SEF 2012 e do eDoc 2012, gera um arquivo texto no leiaute do SEF II, a partir do documento constante na base de dados do SEF 2003. O arquivo texto gerado pela migração não é automaticamente incorporado na base de dados dos aplicativos do SEF 2012 e do eDoc 2012. Ele é salvo em pasta própria do usuário e para trazê-lo para o banco de dados do SEF 2012 e do eDoc 2012, é necessário usar a função Importar do Menu Iniciar.
 
A rotina de migração filtra as inconsistências encontradas, gerando arquivo texto contendo os dados validados, e relatório com os dados inconsistentes e não incorporados no citado arquivo. O contribuinte deve salvar o relatório e providenciar a correção dos dados inconsistentes no SEF 2003, para repetir o processo de migração, ou migrar apenas os dados consistentes, digitando os demais diretamente no SEF 2012 e no eDoc 2012.
 
Para fazer a importação é necessário estar com a versão atualizada do SEFAZ-Net, pois o aplicativo buscará as informações do perfil do contribuinte no site da SEFAZ, e só depois, ao clicar em "Importar" no menu lateral da tela, iniciará a importação do arquivo texto.
 
O SEF 2012 requer mais informações do contribuinte do que o SEF 2003. Assim, no primeiro momento, será preciso complementar as novas informações exigidas após a importação do arquivo gerado através da migração. O documento só será aberto após a complementação das informações no Menu Iniciar/Contribuintes Cadastrados, que são:
 
·        Dados dos Marcadores, na aba "Perfis e Marcadores";
·        Município do endereço do Contador, na aba "Contabilistas";
·        CFOPs preponderantes, na aba "CFOPs Preponderantes";
·        Função do administrador, na aba "Responsáveis".
 
Da mesma forma, o eDoc 2012 requer mais informações do contribuinte do que o SEF 2003, sendo passíveis de migração os dados relativos a itens de documentos referentes a Nota Fiscal mod. 1 e 1-A, Nota Fiscal de Produtor e Nota Fiscal eletrônica, enquanto que aqueles relativos a Cupom Fiscal - CF e Nota Fiscal de Venda a Consumidor - NFVC não serão migrados. As informações referentes à NFVC podem ser importadas do sistema de gestão do contribuinte ou digitadas diretamente no eDoc 2012. Já os dados do CF não podem ser digitados, devendo ser importados diretamente do sistema de gestão do contribuinte.